女性が感染すると不妊、子宮外妊娠、流産の原因となり、急性劇症で救急車に運ばれた例もあります。妊娠中に認められれば新生児に産道感染をおこし，クラミジア結膜炎・肺炎を発症する場合があります。男性は尿道炎や副睾丸炎を起こし、男性不妊の原因となります。
潜伏期は１〜２週間で、女性では感染しても症状が出ないか、おりものが少し増える程度で、はっきりとした自覚症状がないまま進行することが多いのが特徴です。子宮頸管炎や卵管炎を起こすこともありますが、子宮頚管炎を起こしても、２／３以上が無症状であり、検査しなければ感染していることにも気がつかず、治療も不完全なまま放置され、新しい感染源となります。また卵管炎、骨盤内感染を起こした場合、流産や不妊症の原因になるともいわれています。
男性では尿道炎を起こします。症状は比較的軽く、水様〜粘液性の分泌物と、尿道の痛み・かゆみや、会陰部の不快感が出現します。進行すると前立腺炎や副睾丸炎を起こします。
妊娠中に感染が証明されても，抗生物質を２週間程度服用すれば治りますが、必ずしも治療が必要とも限りません。主治医によって判断が異なる場合も予想されますので、薬剤の服用を行うか否かについては、医療機関において十分な説明を受けたうえで決定するのがよいと思われます。ただし、パートナーも感染している可能性が高いので、治療するのであれば両者を治療した方が良いでしょう。
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